DAMASO D. ESTEVEZ ============================================================================= Manual de SeqGen 1.0 (I/2) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ General: (I) 1.- Aspectos legales ¡Muy importante! (I) 2.- Instalando SeqGen ¡Simple! (I) 3.- Arranque del programa Desde el Shell y el WB (I) 4.- Descripción Propósito de este programa (I) 5.- Ventana principal Botones, teclado, ratón (I) 6.- El autor Si quiere contactar conmigo Menús: (I) 7.- Menú Proyecto Ficheros, impresión (I) 8.- Menú Editar El portapapeles (II) 9.- Menú Aminoácidos Edición de las tablas de aminoácidos (II) 10.- Menú Preferencias Adaptación del aspecto y presentación Apéndices: (II) Apéndices varios Pepscan, antígeno, anticuerpo... © Marko Raina 1996 ============================================================================= 1.- Derechos de copia y otros legalismos ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Esto es SeqGen 1.0. El autor es (y todos los derechos pertenecen a) © Marko Raina 1996. Este paquete puede distribuirse libremente, pero no puede ser alterado ni puede obtenerse beneficio económico de él: en otras palabras el programa es Freeware. Está usando este programa por su cuenta y riesgo. El autor no asume ninguna responsabilidad en caso de que el usuario pierda información, ficheros o su calma (8->) debido a errores o prestaciones inherentes al programa. A pesar de lo indicado líneas atrás, el autor estaría encantado con que le enviase información detallada sobre cualquier fallo o incompatibilidad detectada en el programa. Las sugerencias para futuros desarrollos son bienvenidas. 2.- Instalando SeqGen ~~~~~~~~~~~~~~~~~ La instalación de SeqGen 1.0 es muy fácil. Basta desempaquetarlo con el comando "lha e SeqGen.lha": este fichero contiene un directorio llamado SeqGen. No son necesarias bibliotecas de terceras partes, pero el programa sí usa la biblioteca del sistema 'iffparse.library' para el portapapeles y la biblioteca 'asl.library' para las peticiones de ficheros; también emplea las bibliotecas 'amigaguide' y 'locale'. Contenido del paquete: SeqGen (dir) Config (dir) def_app.info def_seq.info NormalAcids.aa SeqGen.prefs catalogs (dir) suomi (dir) SeqGen.catalog Sequences (dir) Little.seq Little.seq.info develop (dir) SeqGen.cd Config.info PepScan.ilbm ReadMe.first ReadMe.first.info SeqGen SeqGen.guide SeqGen.guide.info SeqGen.info SeqGenFinn.guide SeqGenFinn.guide.info Sequences.info SeqGen.info SeqGen debería funcionar bajo SO 2.04 y versiones superiores: si además dispone de Workbench 2.1 o superior, el programa podrá utilizar la prestación local (en caso contrario utilizará como idioma el inglés). En este momento sólo está disponible el catálogo finlandés (suomi), así que para aquellos que desean hacer su propia traducción se incorpora el fichero .cd (catálogo de descripción): como es lógico necesitará el programa CatComp© o alguna otra herramienta por el estilo para generar el catálogo; busque en Aminet. Si desea desinstalar SeqGen, basta con que borre todo el directorio SeqGen con, por ejemplo, "delete SeqGen all" desde el Cli; pero asegúrese antes, de que no destruirá otros ficheros importantes. 3.- Arranque de SeqGen ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Puede arrancar SeqGen tanto desde un Shell como desde Workbench. Si no se indican opciones, el programa intenta abrir la tabla de aminoácidos llamada 'NormalAcids.aa' y el fichero de preferencias llamado 'SeqGen.prefs' (ambos deben encontrarse en el directorio de configuración programa). Si estos ficheros no pueden cargarse, el programa utiliza sus propios valores por defecto y, en este caso, la tabla de aminoácidos estará vacía. 3.a. Desde el Shell ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Los argumentos admitidos, aunque ninguno es obligatorio, es (consulte el manual del AmigaDOS para más información): SEQUENCE,ACIDS/K,SETTINGS/K,PUBSCREEN/K,BUFFER/N/K donde: SEQUENCE - nombre del fichero secuencia a abrir ACIDS - tabla de aminoácidos a utilizar SETTINGS - preferencias a utilizar PUBSCREEN - las ventanas se abrirán sobre esta pantalla BUFFER - tamaño del área de edición (mínimo 100) Ejemplos: SeqGen arranca el programa con la tabla de aminoácidos y las preferencias por defecto. SeqGen fichero.seq arranca el programa cargando el fichero secuencia llamado 'fichero.seq'y utiliza las preferencias por defecto. SeqGen fichero.seq settings anormal.prefs igual que en el anterior ejemplo, pero las preferencias utilizadas ahora son las definidas en el fichero 'anormal.prefs'. 3.b. Desde el Workbench ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Puede pinchar dos veces rápidamente tanto en el icono del programa como en un fichero secuencia. Los tipos de herramienta son los mismos que las palabras clave indicadas para la sintaxis (argumentos) desde el Shell, salvo, naturalmente, que no existe el tipo de herramienta SEQUENCE. Puede modificar los tipos de herramienta a través de la opción de menú Iconos/Información del Workbench. El siguiente ejemplo muestra como arrancar el programa utilizando otros ficheros de preferencias (percátese que el tipo de herramienta ACIDS no está activo en el ejemplo): (ACIDS=) SETTINGS=anormal.prefs ... 4.- El propósito de SeqGen ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ SeqGen es un programa diseñado para ayudar en la edición, archivado e impresión de secuencias de aminoácidos de proteínas conocidas. Con SeqGen usted podrá fácilmente elaborar una secuencia introduciendo cada uno de los símbolos de los aminoácidos que la integran o desde el teclado (debe teclearlos en mayúsculas y estando la ventana de edición activada) o pinchando con el puntero sobre los botones que los representan (grupo de botones sito a la derecha de la ventana del programa); en este banco o grupo de botones se mostrará la notación/nomenclatura abreviada o extendida según el estado del botón 'Simbología'. También es posible introducir la secuencia a través del portapapeles (vea el ejemplo): así es cómo se puede trasladar cualquier secuencia desde una base de datos hasta SeqGen. Puede generar con SeqGen ficheros compatibles con el programa de planificación Pepscan de los laboratorios 'Commonwealth Serum Laboratories, inc'. He estado usando una versión muy antigua (versión 3.20 de 1987) de este programa para equipos con MS-DOS: no es muy agradable su uso especialmente si ha de introducirse la secuencia manualmente, y además pueden surgir problemas si necesita usar un incremento ('offset') distinto de 1 para los componentes peptídicos. SeqGen elimina estos problemas: basta con que elija la parte de la secuencia a mapear, después de definir unas preferencias de formato especialmente definidas guarde esta secuencia y use el fichero obtenido como fuente del programa CSL (por ejemplo para síntesis BNET). Empleando las mismas preferencias, puede imprimir también la secuencia en papel. 5.- Ventana principal ~~~~~~~~~~~~~~~~~ Este es el aspecto de la ventana principal: + ------------------------------------------+ | Ir a: Buscar: | | | | Simbología | | ------------- ------------------ | | |001: área de | | @ Abreviada | | | |010: edición | ------------------ | | | | ------------------ | | | | | aa1 aa2 aa3 | | | | | | aa4 ... | | | | | | | | | | | | grupo de botones | | | ------------- ------------------ | +-------------------------------------------+ El área de edición es, naturalmente, donde se edita la secuencia de aminoácidos: se encuentra en la zona izquierda de la ventana. La edición es posible cuando el área se ha activado, o lo que es lo mismo, cuando se puede ver el cursor. Puede activarla pinchando con el puntero sobre ella. Botones/campos ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ 'Ir a' ('Go to') Si desea llevar el cursor de edición hasta un aminoácido determinado en la secuencia, teclee su número de posición en el campo de texto "Ir a". 'Buscar' ('Find') Para buscar una pequeña secuencia (como un péptido) dentro de la secuencia actualmente en edición, tecléela en este campo de texto con o sin separadores (los guiones). La búsqueda comenzará desde la posición de cursor actual. 'Simbología' ('Symbols') Pinchando este botón se conmutará entre la utilización de la nomenclatura abreviada o extendida. También afecta a las funciones del portapapeles. Grupo de botones con los aminoácidos disponibles Con este banco o grupo de botones, podrá introducir aminoácidos en la secuencia sin tener que utilizar el teclado: el área de edición debe estar activa, así que si no ve el cursor, utilice el ratón para activarla. Si no apareciesen estos botones, eso significaría que la tabla de aminoácidos está vacía: cree o cargue una desde disco. Teclado ¨¨¨¨¨¨¨ Aminoácidos Cuando el área de edición está activa (usted puede ver el cursor), puede introducir un aminoácido simplemente pulsando la tecla que corresponde a su notación (símbolo) abreviada: SeqGen diferencia entre mayúsculas y minúsculas y así, por ejemplo, c y C son para el programa diferentes. Teclas de cursor Con las flechas (teclas) de cursor puede mover éste a lo largo de toda la secuencia. Presionando la tecla SHIFT simultáneamente con las teclas de cursor se desplazará más rápidamente. Tecla 'Delete' Borrar los aminoácidos de la secuencia es muy fácil: el botón 'BackSpace' (<-) borra el inmediatamente situado a la izquierda del cursor; 'Del' borra el que se encuentra bajo el cursor. Se pueden borrar áreas mayores (trozos de secuencia) seleccionándolas con el ratón y utilizando a continuación la opción de menú Editar/Borrar selección. Tecla 'Help' Abre y muestra este manual. La página mostrada en un primer momento dependerá de qué ventana (y botón) está activo. Si presiona la tecla 'Help' mientras intenta seleccionar una opción de menú, la página del manual corresponderá a la que describe dicha opción. Ratón ¨¨¨¨¨ El cursor puede moverse pinchando sobre el aminoácido apropiado con el puntero. También puede elegir parte de la secuencia "arrastrando" el puntero: presione el botón izquierdo del ratón y manteniéndolo, mueva el ratón. La parte seleccionada puede utilizarse en combinación con las funciones del menú Editar. 6.- El autor ~~~~~~~~ El autor de este programa es Marko Raina Ilmarinkatu 23 D 37 33500 Tampere Finlandia (Europa) Email: blmara@uta.fi Acepto, con mucho gusto, comentarios, informes sobre errores, sugerencias, etcétera. Sé que el programa es muy simple, pero cumple con mis necesidades actuales. Quizás las mejoras más urgentes serían añadir interfaz ARexx y un mejor soporte de tipos proporcionales por la interfaz gráfica del usuario (GUI)... No se ha comprobado su funcionamiento en conjunción con Enforcer (¡si detecta problemas con esta herramienta, avíseme, por favor!). Este programa ha sido desarrollado en un A500, 3 MB de RAM y WB 2.1 con la unidad A590 (20 MB) utilizando Dice C v.2.07.56R. Mi agradecimiento a alguna gente por las herramientas que han desarrollado y que han hecho este programa posible: * Jan van den Baard GadToolsBox 2.0c - editor interfaz gráfica (GUI) * Matthew Dillon DICE 2.07.56R - compilador C * Edd Dumbill Heddley 1.1 - editor Amigaguide * Dietmar Eilert GoldEd 3.13 - editor de texto * David Zvekic FixHeddley 1.2 - corrige fallos de Heddley 7.- Menú Proyecto ~~~~~~~~~~~~~ Proyecto/Abrir... ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Abre un fichero, que contenga una secuencia de aminoácidos, generado por SeqGen con las opciones 'Guardar' o 'Guardar como...'. Proyecto/Nuevo ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Borra la secuencia actual de aminoácidos de memoria (y por lo tanto del área de edición): si aún no la ha guardado, el programa le preguntará si lo desea hacer antes de borrarla y perderla definitivamente. Proyecto/Guardar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Guarda la secuencia de aminoácidos actual. Proyecto/Guardar como... ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Solicita un nombre para el fichero secuencia que contendrá la secuencia actual de aminoácidos y la guarda en el lugar que se le indique. Proyecto/Guardar con formato ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Guarda la secuencia de aminoácidos (o parte de ella) según el formato definido en el ítem correspondiente del menú Preferencias. Proyecto/Imprimir con formato ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Imprime una secuencia (o parte de ella) según las preferencias de formato definidas. Puede detener la impresión presionando el botón "Parar" en la petición informativa mostrada. Proyecto/Sobre... ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Ofrece información sobre el programa, la secuencia actual y la tabla de aminoácidos actualmente en memoria. Proyecto/Ayuda ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Abre y muestra este manual (en este momento, el fichero "SeqGen.guide" debe encontrarse en el directorio del programa). Proyecto/Iconificar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Iconifica la aplicación, o sea, cierra la ventana y crea un icono de aplicación sobre la ventana del Workbench. Puede reabrir la ventana pinchando con el puntero dos veces rápidamente sobre dicho icono de aplicación. La imagen de dicho icono es tomada de 'Config/def_app.info', de manera que puede reemplazarla por una mejor que usted prefiera. Proyecto/Salir ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Termina la ejecución del programa. 8.- Menú Editar ~~~~~~~~~~~ Editar/Cortar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Mueve al portapapeles el área seleccionada (de la secuencia) con el ítem de menú 'Seleccionar todo' o con el ratón. El área seleccionada se elimina de la secuencia. Editar/Copiar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Copia al portapapeles el área seleccionada (de la secuencia) con el ítem de menú 'Seleccionar todo' o con el ratón. El área seleccionada no se elimina de la secuencia. Editar/Pegar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Pega (inserta o añade) el contenido del portapapeles en la posición del cursor. El contenido es interpretado según la simbología actual en uso (abreviada o extendida) y las preferencias de la tabla de aminoácidos. Los espacios en blanco como los saltos de carro, los espacios y los guiones ('-') son ignorados. Si hay un nombre de un aminoácido no encontrado en la tabla de aminoácidos actual, SeqGen mostrará un mensaje de error. Editar/Seleccionar todo ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Selecciona la secuencia de aminácidos completa. Editar/Borrar selección ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Borra la parte de la secuencia de aminoácidos que hubiese seleccionado con el ratón o el ítem de menú 'Seleccionar todo'. Tenga cuidado, ya que la operación no se puede deshacer. Continúa :)...