[Continuación...] Manual de SeqGen 1.0 (II/2) ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ © Marko Raina 1996 ============================================================================= 9.- Menú Aminoácidos ~~~~~~~~~~~~~~~~ Aminoácidos/Editar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Abre la ventana de edición de la tabla de aminoácidos. Aquí es donde puede crear y editar dicha tabla (que es imprescindible cuando edita e imprime una secuencia). Puede asignar/definir un símbolo abreviado y otro extendido para cada aminoácido. Las versiones extendidas pueden ser de hasta 5 caracteres, mientras que las abreviadas sólo pueden ser de uno: lo razonable es elegir los símbolos según el estándar definido (presionando la tecla 'Help' podrá leer esta sección concreta del manual). Ejemplo: extendida abreviada Ala A Tyr Y ... La lista de opciones ('listview') "Aminoácidos" contiene los símbolos en formato extendido de los aminoácidos disponibles. Si elige un aminoácido de dicha lista con el ratón, el campo de texto "Abreviado" mostrará el símbolo abreviado que le corresponde. Explicación de los botones Añadir ('Add') Cuando desee añadir un nuevo aminoácido, utilice este botón. Edite el símbolo extendido en el campo de texto situado bajo la lista de opciones. Presionando Return o la tecla 'TAB' pasará a editar el campo de texto "Abreviado" que permite definir el símbolo abreviado (un carácter). Borrar ('Delete') Borra el aminoácido actualmente seleccionado de la tabla. Subir ('Up') Desplaza a lo largo de la tabla, el aminóácido actual, hacia arriba. Bajar ('Down') Desplaza a lo largo de la tabla, el aminóácido actual, hacia abajo. Abreviado ('Short') Aquí debe introducir el símbolo abreviado del aminoácido actual. Se pueden emplear todos los caracteres imprimibles excepto el guión ('-') pues está reservado como separador de los aminoácidos. Usar ('Use') Cuando haya terminado, puede aceptar los cambios pinchando con el puntero sobre este botón. Cancelar ('Cancel') Si quiere cancelar los cambios, debe utilizar este botón. Aminoácidos/Abrir ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Carga una tabla de aminoácidos de disco. Aminoácidos/Guardar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Guarda la tabla de aminoácidos en disco. 10.- Menú Preferencias ~~~~~~~~~~~~~~~~~ Preferencias/General ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Abre la ventana de preferencias generales: estas preferencias afectan al formato del área de edición. Para volver a consultar esta página del fichero guía (manual), presione la tecla 'Help' cuando dicha ventana se encuentre activa. Botones/interruptores/campos de texto Ancho por línea ('Acids/line') Define el número máximo de aminoácidos a imprimir en una línea del área de edición. El mínimo es uno y ¡no se imprimirán más aminoácidos de los que quepan! Nº de dígitos ('Number length') Define el número de dígitos a emplear para los números que señalan la posición de los aminoácidos (aparecen a la izquierda en el área de edición). El máximo son 10 dígitos. Con separador ('Use separator') Activado, SeqGen separará los aminoácidos en el área de edición con un guión ('-'). Esto afecto también a las funciones Editar/Cortar y Editar/Copiar. Preferencias/Formato ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Abre la ventana de preferencias de formato y éstas sólo afectan como es lógico a dichas funciones de formato: pinche sobre este botón par ver un ejemplo. Si desea consultar esta página del manual mientras SeqGen se está ejecutando, pulse la tecla 'Help'. Botones Cabecera ('Header') Esta línea es guardado o impresa tal cual al inicio con las opciones Guardar con formato... o Imprimir con formato. Puede incluir múltiples líneas (basta que las separe con el símbolo '\n' como en C que indica un salto de línea). Si quiere utilizar la barra invertida ('backslash' o '\'), basta con que escriba '\'. Así si por ejemplo escribe 'Cabecera\n' aparecerá la línea 'Cabecera'. Por favor no utilice otros argumentos como los empleados por printf en C (%s, %d, %u,...) ya que podrían bloquear la máquina. Formato ('Format') Aquí define la cadena (de manera similar a la función printf del C), que será empleada para guardar/imprimir cada péptido. Puede usar caracteres normales, '\n' para retornos de carro, '\' para barras invertidas y los siguientes códigos de control (para obtener una línea como "020: PEPT" el formato sería "%03.lu: %s\n"): código imprime... %% % %s el péptido- ¡una única vez! %-lu el nº del primer aa del péptido (alineado a la izqda.) %lu " " " " " " " (alineado a la drcha.) %4.lu lo mismo, pero con un ancho de nº de 4. %04.lu lo mismo, pero con el campo numérico relleno de ceros. Pié ('Footer') Esta cadena se guarda/imprime a continuación de los péptidos. Consulte "Cabecera" para más información. Long. péptido ('Peptide lenght') Longitud del péptido a imprimir/guardar. Incr. ('Offset') La distancia entre los primeros aminoácidos de péptidos secuenciales. Si desea una familia de péptidos clásica de-uno-en-uno, elija 1. Abreviado ('Short symbols') Si está activado, imprime los aminoácidos con su nomenclatura abreviada. Con separador('Use separator') Activado, imprime los aminoácidos separados por guiones. Sólo salida ('Output only') Activado sólo el número de péptidos definido en el campo de texto (el de la izquierda) que se encuentra debajo de este interruptor serán guardados/impresos. El punto de arranque también se define numéricamente con el campo de texto situado bajo este botón (el de la derecha). Preferencias/Cargar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Carga un fichero de preferencias. Preferencias/Guardar ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Guarda las preferencias actuales en un fichero. Preferencias/¿Crear iconos? ¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨¨ Si este ítem está activado, SeqGen genera un icono de proyecto cuando guarda una secuencia de aminoácidos. La imagen del icono es tomada del fichero 'Config/def_seq.info', así puede usted reemplazarla por otra que le guste más. -------------------------===----------------------- 11. Sobre este documento que lee... ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Traducción al español 1.01 (4-IX-1996) Este documento es de copiado y distribución gratuíta. Su utilización es siempre bajo la responsabilidad del propio usuario asumiendo éste todos los riesgos (ni siquiera garantizo una correcta traducción, así que por favor, consulte la documentación original). Dámaso Domínguez Estévez SPAIN (EUROPE) Por cierto, ¿quién dijo que no existía documentación en español ? ;^) -------------------------===----------------------- APENDICES ~~~~~~~~~ A. Pepscan ~~~~~~~ H. Geysen y sus colegas desarrollaron un nuevo método, "Pepscan", para sintetizar pequeños péptidos¹ (los péptidos son pequeños polímeros o cadenas de aminoácidos). La idea era construir una pequeña pieza plástica a modo de varilla, para su reutilización repetidas veces en, por ejemplo, pruebas serológicas (estas pequeñas piezas pueden comprarse, por ejemplo, en paquetes de 96, para ser montadas en un pequeño soporte plástico). Una de sus aplicaciones más importantes es el mapeado lineal de centros de unión. Aquí tiene una imagen que describe esquemáticamente el método Pepscan. Será mostrada con Display si su sistema tiene una versión de WB INFERIOR a la 3.0 o con MultiView en caso contrario: por alguna razón, la primera opción sólo funciona si este fichero guía se ha invocado directamente (o sea, desde fuera del programa SeqGen). ----------------- ¹ Geysen et al: Use of peptide synthesis to probe viral antigens for epitopes to a resolution of a single amino acid. Proc Natl Acad Sci 81: 3998-4002, 1984) B. Centros de unión ~~~~~~~~~~~~~~~~ El centro de unión ('epitope') es la parte de un antígeno que induce específicamente la inmunorespuesta. Frecuentemente, es una determinada área en alguna proteína estructural o funcional de un virus (bacteria, hongo,...). Habitualmente hay algunos de éstos en un antígeno y hay multitud de antígenos en un microbio. C. Mapeado de centros de unión ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ El mapeado de los centros de unión ('epitope mapping') consiste en buscar estos centros en un antígeno. El método Pepscan es capaz de encontrar los de las células-B como por ejemplo las partes de la proteína que controlan la formación de anticuerpos. Debido a la corta longitud de los péptidos (de 8 a 10 aminoácidos), sólo pueden encontrarse los centros de unión lineales. Los no contiguos que se han formado por unión de proteínas en conformación tridimensional deberían necesitar secuencias más largas. Un ejemplo Supongamos que la secuencia de aminoácidos de una proteína viral es A-C-D-E-F-G-H, donde cada letra representa al aminoácido correspondiente (nomenclatura abreviada). Si se asume que el centro de unión tiene cuatro aminoácidos de largo, 4 péptidos diferentes de 4 aminoácidos de longitud con un desplazamiento de 1 aminoácido se sintetizarán: Pieza nº 1: A-C-D-E Pieza nº 2: C-D-E-F Pieza nº 3: D-E-F-G Pieza nº 4: E-F-G-H Después de la síntesis, las pequeñas piezas plásticas son incubadas con suero de pacientes (muestras de sangre) recogidas de individuos que han padecido la enfermedad viral. Estos pacientes han desarrollado anticuerpos contra las partículas virales, y algunos de los anticuerpos se ha enlazado con la proteína mencionada, más exactamente en los centros de unión. La unión se detecta con un anticuerpo secundario encontrándose las secciones de la proteína buscadas. Estas pequeñas secciones pueden sintetizarse y emplearse, por ejemplo, para diagnosticar enfermedades. D. Antígeno ~~~~~~~~ Un antígeno es cualquier estructura considerada hostil por nuestro sistema de inmunológica, y como tal elemento hostil, es atacado por dicho sistema defensivo. Los antígenos pueden ser fragmentos de bacterias, virus, hongos e incluso de nuestros propios tejidos. E. Aminoácido (aa) ~~~~~~~~~~~~~~~ Los aminoácidos son pequeñas moléculas que tienen al menos un grupo carboxilo (-COOH) y otro amino (-NH2). Debido a sus características químicas especiales éstos fácilmente se polimerizan (o sea, se unen unos a otros) para crear pequeñas (péptidos) y (muy) largas cadenas (las llamadas proteínas). Se puede decir que los aminoácidos son la base de la vida. Internacionalmente se define como nomenclaturas estándar de los aminoácidos las abreviaturas de un carácter (abreviada) y las de tres caracteres (extendida) para poder representar de forma sencilla y compacta los péptidos y proteínas. Se conocen centenares de aminoácidos en la actualidad, pero sólo 20 forman parte de las proteínas naturales. El fichero config/NormalAcids.aa incluído en el paquete contiene las definiciones de estos aminoácidos: Abr. (1) Ext. (3) Nombre completo (español) (inglés) -------- -------- ------------------------------- ---------- A Ala Alanina (Alanine) C Cys Cisteína (Cysteine) D Asp Ácido aspártico (Aspartic acid) E Glu Ácido glutámico (Glutamic acid) F Phe Fenilalanina (Phenylalanine) G Gly Glicina [1] (Glycine) H His Histidina (Histidine) I Ile Isoleucina (Isoleucine) K Lys Lisina (Lysine) L Leu Leucina (Leucine) M Met Metionina (Methionine) N Asn Asparagina (Asparagine) P Pro Prolina (Proline) Q Gln Glutamina (Glutamine) R Arg Arginina (Arginine) S Ser Serina (Serine) T Thr Treonina (Threonine) V Val Valina (Valine) W Trp Triptófano (Tryptophan) Y Tyr Tirosina (Tyrosine) ---------------------- [1] También conocido como glicocola. F. Un ejemplo ~~~~~~~~~~ Aquí se explica como crear un péptido (fichero) con otros 94 péptidos. Los péptidos han sido "cortados" a partir del inicio de la proteína, miden 10 aminoácidos de longitud y el incremento ('desplazamiento' u 'offset') entre aminoácidos es de 3 aminoácidos. 1. Introduciendo la secuencia La secuencia se ha obtenido de una base de datos de secuencias y ha sido transferida gracias a CrossDOS desde PC a Amiga. La información de la cabecera y los números de posición han sido eliminados con un editor de texto, y la secuencia restante ha sido copiada en el portapapeles. La secuencia se ha pegado dentro del área (temporal) de edición de SeqGen. 2. Definiendo el formato El formato de los ficheros de secuencias generados por el programa CSL es: * Nº de péptidos diferentes * Péptido nº 1 (símbología abreviada, sin separadores) * Nº de péptidos nº 1 a sintetizar * Péptido nº 2 * Nº de péptidos nº 2 a sintetizar * ... * Péptido nº "número de péptidos total" * Nº a sintetizar Así, las preferencias de formato elegidas son: * Cabecera ('Header') : 94\n * Formato ('Format') : %s\n\1\n * Pié ('Footer') : * Long. péptido ('Peptide Length') : 10 * Incr. ('Offset') : 3 Fueron activadas las opciones "Abreviado" ('Short symbols') y "Sólo salida" ('Output only'), mientras que la opción "Con Separador" ('Use separator') se desactivó. * Nº de péptidos : 94 * desde número (nº de aminoácido) : 1 3. Creando el fichero del péptido En el menú Proyecto, la opción Guardar con formato... fue seleccionada y se elegió un nombre apropiado (ya sabe, por la limitación de 8+3 caracteres del MSDOS) para guardar el péptido. El fichero se trasladó a un disco con formato de PC y el plan final de síntesis de péptido CSL se creó utilizando el fichero generado como fuente para la síntesis BNET. G. Tipos de fichero ~~~~~~~~~~~~~~~~ SeqGen genera tres tipos de ficheros: ficheros secuencia, de aminoácidos y de preferencias. Aquí encontrará más información sobre ellos. 1. Fichero secuencia Este fichero contiene una secuencia guardada gracias a la opción de menú nombre de la tabla de aminoácidos empleada cuando se generó el fichero. El nombre del fichero suele tener como sufijo ".seq" como por ejemplo el fichero "ß-galactosidasa.seq". 2. Fichero de aminoácidos Éste es una lista de aminoácidos con su simbología tanto abreviada como extendida: en el archivo "NormalAcids.aa" se recogen los 20 aminoácidos que se pueden encontrar en las proteínas naturales. El nombre de estos ficheros suele llevar como sufijo ".aa". Cuando ejecute SeqGen, éste intentará cargar el fichero "config/Normalacids.aa", que debe encontrarse en el directorio "config" situado en el directorio del programa. 3. Fichero de preferencias Este fichero contiene información sobre sus preferencias de edición, preferencias de formato y el tamaño y posición de la ventana de preferencias: suelen tener normalmente en el nombre como sufijo ".prefs". Cuando se ejecuta SeqGen, éste intenta cargar el fichero "config/SeqGen.prefs" (el directorio "config" debe encontrarse en el directorio del programa). Las preferencias de la ventana se cargan sólo cuando se pone en marcha SeqGen. H. Anticuerpos ~~~~~~~~~~~ Los anticuerpos son proteínas producidas por los linfocitos B (respuesta inmune) ante la presencia de un elemento extraño llamado antígeno (agente causante de la infección como bacterias, virus, hongos). Por unión con el antígeno, ayudan a otras partes del sistema inmunológico a destruir el microbio. Los anticuerpos secundarios son anticuerpos contra anticuerpos (!), que han sido creados para uso de laboratorio. Puede acoplarse a ellos algunos marcadores, como por ejemplo una enzima que produzca algún tipo de coloración, y son empleados para detectar anticuerpos humanos. * EOF *